闘病と芸能界入り
平成9〜
誕生
東京都に生まれる。
ギラン・バレー症候群を発症
中学2年生のとき、末梢神経が損なわれる難病「ギラン・バレー症候群」を発症。1年ほど学校へ通うことにも難儀したが、その後克服した。
祖父母との思い出が料理好きの原点に
小学4年生の頃、北海道の祖父母が上京した際にかっぱ橋で買ってもらったシフォンケーキの型で初めて手作りをした経験が、料理を好きになった原点だったと家族が後のインタビューで明かしている。
ライブ会場でスカウトされ芸能界入り
都立高校1年生のとき、友達に誘われて行ったライブ会場でスカウトされ、芸能界入りを果たす。これが後のオーディション荒らし時代を経て女優への道を歩む出発点となった。
デビューと下積み時代
平成25〜
フジテレビ系ドラマ『ラスト♡シンデレラ』で女優デビュー
篠原涼子主演のドラマでテレビドラマ初出演にして女優デビュー。同作で主演を務めた篠原涼子（事務所の先輩）を憧れの人として挙げている。この女優デビューが、その後の下積み時代を経て主演女優へと至るキャリアの出発点となった。
連続ドラマ『仮面ティーチャー』出演
日本テレビ系連続ドラマに出演し、テレビドラマ初主演作となった。
マネージャーとの大喧嘩で意識が一変
デビュー当初は「本当にやる気がなくて、誰よりも意識が低かった」と振り返る芳根。見かねたマネージャーに「もう辞めたら？」と告げられ、「今、お前が辞めても事務所に何も損も得もない」と言われたことにカチンときて号泣しながら大喧嘩に。「だったら私が辞めたら困るくらい大きくなって、辞めてやるー！」と思ったこの一件を機に意識が変わり、「そこからどんどん（仕事が）楽しくなった」という。この転機が、以降のオーディション挑戦を支える原動力になった。
映画『物置のピアノ』で映画初出演にして初主演
福島・東京で行われたオーディションで選ばれ、映画初出演にして初主演を務めた。
NHK連続テレビ小説『花子とアン』で朝ドラデビュー
花子の親友・蓮子（仲間由紀恵）の娘・宮本富士子役で出演し、朝ドラデビューを果たした。
オーディションに落ち続けた駆け出し時代
この時期はオーディションにまったく受からない時期もあり「苦しいなあ」と思うこともあったが、母と話すことで「この作品とはご縁がなかったんだな」と気持ちを切り替えていたと後に振り返っている。
1,000人超のオーディションを勝ち抜き『表参道高校合唱部!』でドラマ初主演
TBS系ドラマのキャストオーディションで1,000人以上の参加者の中から選ばれ、香川真琴役でドラマ初主演を務めた。
朝ドラヒロインへ
平成28〜
NHK連続テレビ小説『べっぴんさん』でヒロインに抜てき
2016年度後期の朝ドラでヒロイン・坂東すみれ役を演じ、全国的な知名度を得た。これを機に朝ドラヒロインとして広く知られるようになった。
映画『心が叫びたがってるんだ。』でヒロイン
アニメの実写映画化作品でヒロイン・成瀬順役を演じた。
映画で存在感を示す
平成30〜
月9ドラマ『海月姫』で朝ドラ終了後初主演
フジテレビ系月9ドラマで朝ドラ終了後初の連続ドラマ主演を務めた。
映画『累-かさね-』で土屋太鳳とW主演
土屋太鳳とのダブル主演作。同年公開の『散り椿』とあわせて演技が高く評価された。
第42回日本アカデミー賞新人俳優賞を受賞
『累-かさね-』『散り椿』の演技により新人俳優賞を受賞（1月15日発表）。デビュー以来の下積みが実を結んだ節目となった。
映画『居眠り磐音』で木村文乃とWヒロイン
松竹配給の時代劇映画にヒロイン・小林奈緒役で出演。
WOWOWドラマ『大江戸グレートジャーニー ～ザ・お伊勢参り～』出演
土橋章宏の小説『駄犬道中おかげ参り』を原作とする時代劇ドラマに沙夜役で出演。
主演女優として確立
令和3〜
NHK総合ドラマ『半径5メートル』で主演
前田風未香役で主演を務めた。
日本テレビ系ドラマ『真犯人フラグ』に出演
主人公・相良凌介（西島秀俊）の部下、二宮瑞穂役で出演し、視聴者による考察が話題を呼ぶミステリードラマとしてヒット。話題作への出演で芳根の知名度もさらに広がった。
映画『カラオケ行こ！』出演
綾野剛主演のKADOKAWA配給映画への出演が発表され、森本もも役で出演した（公開は2024年1月）。
映画『雪の花 -ともに在りて-』公開
松坂桃李・役所広司と共演し、笠原千穂役を演じた。吉村昭の小説を小泉堯史監督が映画化した作品。
フジテレビ系ドラマ『波うららかに、めおと日和』で主演
江端なつ美役で主演。この作品で第124回ザテレビジョンドラマアカデミー賞・第35回TV LIFE年間ドラマ大賞2025・モデルプレス ベストドラマアワード2025の主演女優賞を総なめにした。
舞台「先生の背中〜ある映画監督の幻影的回想録〜」出演
PARCO劇場ほかで上演された舞台に出演した。
映画『君の顔では泣けない』公開
髙橋海人と初共演し、坂平陸役を演じた。
ディズニー＆ピクサー最新作『私がビーバーになる時』で主人公の日本語吹替声優に抜てき
オーディションを勝ち抜き、動物好きの大学生メイベルの声を担当することが声優発表イベントで発表された（3月13日全国公開予定）。決定の知らせはイタリア・ベネチアで撮影中に受け、マネージャーから「今、連絡があって、（声優に）決まりました」と告げられ、「夢がかなった！」と現地で喜びをあらわにした。ディズニー＆ピクサー作品の主人公声優に抜てきされたことが注目を集めた。
舞台「ウェンディ&ピーターパン」で渡辺翔太とW主演
THEATER MILANO-Zaほかで上演された舞台にウェンディ役でW主演を務めた（7月20日まで）。
現在：ドラマ『波うららかに、めおと日和』続編が放送予定
主演を務めた前作の続編がフジテレビ系で放送予定。デビューから13年、下積みを経て掴んだ主演女優としての地位を着実に固めている。
